Sin embargo, considerando el modo en el que fue elaborada la Convención, no hay duda alguna de que toda especie silvestre animal o vegetal, incluso aquellas que habitan en alta mar, deben ser incluidas en los Apéndices de la CITES, en principio, con la condición de que estén o puedan estar afectadas por el comercio, ya que este último término está claramente definido en la Convención. Este tema es nuevamente citado por la Conferencia de las Partes en la CITES en el preámbulo de la Resolución Conf. 9.24 sobre los Criterios de enmienda de los Apéndices I y II. Desde aquella reunión de Washington se incluyó una serie de especies marinas en los Apéndices I y II, en particular ballenas y tortugas marinas, y hasta diversos peces que poseían y aun poseen un determinado valor comercial pero que no están sujetos a la pesca en gran escala.

Además, cuando la CITES hace referencia a especies marinas y organismos intergubernamentales relacionados con esas especies, u otros tratados, convenciones o acuerdos internacionales dedicadas a la protección de especies marinas, resulta evidente que se refiere esencialmente a las ballenas, la Convención Internacional para la Reglamentación de la Caza de la Ballena y la Comisión Ballenera Internacional (CBI), a pesar de que no se mencionan ni el tratado ni la institución en el texto de la CITES. El único tratado específicamente mencionado es la Ley del Mar, refiriéndose a que la CITES no debe perjudicar a los Estados en sus reclamos y apreciaciones legales presentes o futuras referidas a la Ley del Mar, ni a la naturaleza y extensión de las jurisdicciones costeras y nacionales.

Aunque la CITES no se ha modificado desde su origen, a excepción de algún punto que no se relaciona con el tema en cuestión, la idea de que las especies marinas bajo explotación comercial debieran estar incluidas en los Apéndices surgió alrededor del año 1990, progresando significativamente a partir de 1992. Indudablemente, esto resulta de la creciente presión ejercida por algunas ONGs preocupadas genuinamente por los problemas relacionados con la explotación de los recursos marinos, o que encontraron en la CITES un foro único en materia de conservación y protección de la vida silvestre donde exponer sus apreciaciones y filosofías, particularmente si se lo compara con la FAO o las Organizaciones Regionales de Ordenación de la Pesca (OROP). Así mismo, lograron persuadir a unos pocos gobiernos para que les otorgaran su apoyo y presentar algunas propuestas de enmienda, aunque no con el éxito que esperaban.

Durante la octava reunión de la Conferencia de las Partes en la CITES (CdP8, Kioto, 1992), Suecia propuso la inclusión del atún de aleta azul del Atlántico, parcialmente en el Apéndice I y II. La propuesta fue retirada, comprometiéndose la Comisión Internacional para la Conservación del Atún del Atlántico (CICAA) a tomar los recaudos necesarios a favor de la especie. Este compromiso fue parcialmente cumplido. La propuesta fue nuevamente presentada por Kenia para ser considerada por la CdP9 (Fort Lauderdale, 1994), pero fue retirada pocos días después. Durante la CdP10 (Harare, 1997), Estados Unidos de América propuso la inclusión de todos los Pristiformes en el Apéndice I, pero la propuesta fue mayoritariamente rechazada. Además, EE.UU. propuso la creación de un grupo de trabajo sobre especies marinas pesqueras. Esto también fue rechazado. Por otra parte, la propuesta de Alemania y EE.UU. para la inclusión de Acipensiformes en el Apéndice II fue aceptada por consenso. Cabe destacar que la propuesta fue apoyada por los productores más importantes de caviar, producto principal del esturión que se encuentra en el comercio internacional. Finalmente, durante la CdP11 (Gigiri, 2000), Australia, EE.UU. y el Reino Unido presentaron propuestas de inclusión en el Apéndice I o II de tres especies de tiburón. Las tres propuestas fueron rechazadas, destacando la concerniente al tiburón peregrino Cetorhinus maximus rechazada por una reducida mayoría.

Luego del rechazo de la propuesta de inclusión del tiburón peregrino en el Apéndice II, el Reino Unido solicitó su inclusión en el Apéndice III. Esta última entró en vigor el 13 de septiembre de 2000. Teniendo en cuenta que los animales vivos o muertos, por definición sujetos a las disposiciones del Artículo V de la Convención sobre la regulación del comercio de especímenes de especies incluidas en el Apéndice III, el Reino Unido solicitó que únicamente se efectúen controles CITES sobre las aletas y partes de aletas, como contempla el Artículo I, párrafo (b) (ii). Vale la pena destacar que la CITES no cubre el comercio de especímenes de especies incluidas en el Apéndice III provenientes de aguas internacionales.